IN SILICO YÖNTEMLER İLE IL-6’NIN PATOJENİK TEK NÜKLEOTİT POLİMORFİZMLERİNİN TAHMİNİ VE YAPISAL ETKİLERİ

Özet

Tek nükleotid polimorfizmleri (SNPler) bireyler arasında; DNA'daki tek nükleotid değişiklikleri olarak bilinir. En yaygın SNP türü eş anlamlı olmayan SNPlerdir. İnterlökin-6 (IL-6) savunma mekanizması, bağışıklık tepkisi, hematopoez ve akut faz reaksiyonlarında çok çeşitli biyolojik fonksiyonlara sahip lenfoid ve lenfoid olmayan hücreler tarafından üretilen bir pleiotropik sitokindir. Bu çalışmada, IL-6'nın SNPleri NCBI dbSNP'de araştırılmıştır. Bu veritabanında IL-6’ya ait 2530 SNP vardır ve 227 tanesi yanlış anlamlı olarak sınıflandırılmıştır. PANTHER, SIFT ve PROVEAN biyoinformatik araçları, zararlı (D), muhtemelen zarar veren (PRD) veya mümkün olarak zarar veren (POD) SNPlerin belirlenmesi için kullanıldı ve bu SNPlerin IL-6 protein ürünlerinin amino asitleri üzerindeki yapısal etkilerinin tespiti için Hope aracından yararlanıldı. SIFT ve PROVEAN skorları ile PANTHER koruma süreleri, bu 227 SNPnin 22’sinin D, PRD veya POD kategorisine sahip olduğunu göstermiştir. HOPE aracı sonuçlarına göre, mutant tiplerde rs370818995 (UniProt Protein id’leri: P05231, B5MCZ3 ve P05231) daha büyük boyutta aminoasitlere yol açmaktayken; rs11544633 (UniProt protein id’leri: P05231, B5MCZ3, B4DNV3, P05231 ve B5MC21), rs199990564 (UniProt protein id’leri: P05231, B5MCZ3, B4DNV3, P05231 ve B5MC21), rs201371019 (UniProt Protein id’leri: P05231, B5MCZ3, B4DNV3, B4DNV3, P05231 ve B5MC21) daha küçük boyutta aminoasitlere neden olmaktadır. Ayrıca, rs370818995 (UniProt Protein id’leri: P05231, B5MCZ3 ve P05231) vahşi tipinden daha az hidrofobik forma neden olurken; rs199990564 (UniProt Protein id’leri: P05231, B5MCZ3, B4DNV3, P05231 ve B5MC21) ve rs201371019 (UniProt Protein id’leri: P05231, B5MCZ3, B4DNV3, P05231 ve B5MC21)’nin mutant tipleri ise daha hidrofobik yapılara yol açmaktadır. Çalışmada ilk kez IL-6'nın patojenik yanlış anlamlı SNPleri in silico yöntemlerle gösterilmiştir. Bu çalışmanın sonuçlarının, IL-6’nın patojenik polimorfizmlerinin etkileri ile ilgili gelecekteki çalışmalara yardımcı olabileceğini düşünüyoruz.