CRABTREE POZİTİF VE CRABTREE NEGATİF MAYA TÜRLERİNDE GCR1 GENİNİN IN SILICO ANALİZİ

Özet

Oksijen varlığında ve glikozun yüksek konsantrasyonunda maya hücrelerinin fermentasyon yapması Crabtree etkisi olarak adlandırılır. Crabtree etkisine sahip olan maya türleri Crabtree pozitif ve sahip olmayan maya türleri Crabtree negatif olarak adlandırılır. Crabtree negatif maya türleri çoğunlukla endüstriyel alanda heterolog protein üretimi için kullanılırken, Crabtree pozitif maya türleri kanser hücrelerinde metabolik olayların anlaşılmasında kullanılmaktadır. S. cerevisiae maya hücrelerinde glikolitik yolakta yer alan enzimleri kodlayan genler Gcr1p tarafından kontrol edilmektedir. Gcr1p glikolitik genlerin promotor bölgelerinde yer alan CT elementlerine bağlanarak transkripsiyonlarını aktive etmektedir. Çalışmamızda Sc-Gcr1p ile benzerlik gösteren proteinleri içeren Crabtree pozitif ve negatif maya türleri belirlenerek bu maya türlerinde protein benzerlik analizleri ve ilgili proteinleri kodlayan genlerin promotor analizleri farklı veri tabanları ve analiz programları kullanılarak in silico olarak karşılaştırması yapıldı. Bu amaçla, SGD, UNIPROT, NCBI-Genome ve Yeastract veri tabanları ile BLASTp-NCBI, MEGA-X ve Chromatin Folding V2 programları kullanıldı. SGD veri tabanı kullanılarak Sc-Gcr1p ile eşleşme gösteren 32 farklı maya türü tespit edildi. Bu maya türlerinden 5 farklı Crabtree pozitif ve 5 farklı Crabtree negatif maya türü seçilerek in silico analizler bu maya türleri kullanılarak gerçekleştirildi. Protein analizleri ve promotor analizleri sonrasında, maya türleri arasında tespit edilen benzerliklerin ve farklılıkların Crabtree pozitif ve Crabtree negatif maya türleri için spesifik olmadığı türler arasında değişkenlik gösterdiği tespit edildi.