Hızlı Erişim


Bu Dergi DOI ve Crosscheck üyesidir


IN SILICO YÖNTEMLER İLE IL-6’NIN PATOJENİK TEK NÜKLEOTİT POLİMORFİZMLERİNİN TAHMİNİ VE YAPISAL ETKİLERİ
(PREDICTION AND STRUCTURAL IMPACTS OF THE PATHOGENIC MISSENSE SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISMS OF IL-6 WITH IN SILICO METHODS )

Yazar : NAZLI IRMAK GİRİTLİOĞLU  & Gizem Köprülülü KÜÇÜK  
Türü :
Baskı Yılı : 2020
Sayı : 11
Sayfa : 79-87
    


Özet

Tek nükleotid polimorfizmleri (SNPler) bireyler arasında; DNA'daki tek nükleotid değişiklikleri olarak bilinir. En yaygın SNP türü eş anlamlı olmayan SNPlerdir. İnterlökin-6 (IL-6) savunma mekanizması, bağışıklık tepkisi, hematopoez ve akut faz reaksiyonlarında çok çeşitli biyolojik fonksiyonlara sahip lenfoid ve lenfoid olmayan hücreler tarafından üretilen bir pleiotropik sitokindir. Bu çalışmada, IL-6'nın SNPleri NCBI dbSNP'de araştırılmıştır. Bu veritabanında IL-6’ya ait 2530 SNP vardır ve 227 tanesi yanlış anlamlı olarak sınıflandırılmıştır. PANTHER, SIFT ve PROVEAN biyoinformatik araçları, zararlı (D), muhtemelen zarar veren (PRD) veya mümkün olarak zarar veren (POD) SNPlerin belirlenmesi için kullanıldı ve bu SNPlerin IL-6 protein ürünlerinin amino asitleri üzerindeki yapısal etkilerinin tespiti için Hope aracından yararlanıldı. SIFT ve PROVEAN skorları ile PANTHER koruma süreleri, bu 227 SNPnin 22’sinin D, PRD veya POD kategorisine sahip olduğunu göstermiştir. HOPE aracı sonuçlarına göre, mutant tiplerde rs370818995 (UniProt Protein id’leri: P05231, B5MCZ3 ve P05231) daha büyük boyutta aminoasitlere yol açmaktayken; rs11544633 (UniProt protein id’leri: P05231, B5MCZ3, B4DNV3, P05231 ve B5MC21), rs199990564 (UniProt protein id’leri: P05231, B5MCZ3, B4DNV3, P05231 ve B5MC21), rs201371019 (UniProt Protein id’leri: P05231, B5MCZ3, B4DNV3, B4DNV3, P05231 ve B5MC21) daha küçük boyutta aminoasitlere neden olmaktadır. Ayrıca, rs370818995 (UniProt Protein id’leri: P05231, B5MCZ3 ve P05231) vahşi tipinden daha az hidrofobik forma neden olurken; rs199990564 (UniProt Protein id’leri: P05231, B5MCZ3, B4DNV3, P05231 ve B5MC21) ve rs201371019 (UniProt Protein id’leri: P05231, B5MCZ3, B4DNV3, P05231 ve B5MC21)’nin mutant tipleri ise daha hidrofobik yapılara yol açmaktadır. Çalışmada ilk kez IL-6'nın patojenik yanlış anlamlı SNPleri in silico yöntemlerle gösterilmiştir. Bu çalışmanın sonuçlarının, IL-6’nın patojenik polimorfizmlerinin etkileri ile ilgili gelecekteki çalışmalara yardımcı olabileceğini düşünüyoruz.



Anahtar Kelimeler
SNP, polimorfizm, IL-6, in silico

Abstract

Single nucleotide polymorphisms (SNPs) are known as single nucleotide changes in DNA among individuals. The most common type of SNPs is non-synonymous SNPs. Interleukin-6 (IL-6) is a pleiotropic cytokine produced by lymphoid and non-lymphoid cells with a wide range of biological functions in defense mechanism, immune response, hematopoiesis, and acute phase reactions. In this study, SNPs of IL-6 were searched in NCBI dbSNP, and there are 2530 SNPs belong to IL-6, and 227 of them are classified as missense in this database. PANTHER, SIFT, and PROVEAN bioinformatic tools were used for determining the deleterious (D), probably damaging (PRD), or possibly damaging (POD) SNPs and the HOPE tool was utilized for the detection of the structural impacts caused by these SNPs on amino acids of I-L6 protein products. SIFT and PROVEAN scores and PANTHER preservation times showed that 22 of these 227 SNPs have a category of D, PRD, or POD. According to HOPE tool results, rs11544633 (UniProt protein ids: P05231, B5MCZ3, B4DNV3, P05231, and B5MC21), rs199990564 (UniProt protein ids: P05231, B5MCZ3, B4DNV3, P05231, and B5MC21), rs201371019 (UniProt Protein ids: P05231, B5MCZ3, B4DNV3, B4DNV3, P05231, and B5MC21) causes the smaller amino acids while rs370818995 (UniProt Protein ids: P05231, B5MCZ3, and P05231) causes the bigger aminoacids in mutant types. Also, the mutant types of rs199990564 (UniProt Protein ids: P05231, B5MCZ3, B4DNV3, P05231, and B5MC21), and rs201371019 (UniProt Protein ids: P05231, B5MCZ3, B4DNV3, P05231, and B5MC21) cause more hydrophobic structure while rs370818995 (UniProt Protein ids: P05231, B5MCZ3, and P05231) causes less hydrophobic form than their wild types. In the study, this is the first time the pathogenic missense SNPs of IL-6 of its was shown with in silico methods. We think the results of this study can help for future studies about the effects of IL-6 pathogenic polymorphisms.



Keywords
SNP, polymorphism, IL-6, in silico

Gelişmiş Arama


Duyurular

    ***********************

    DEĞERLİ BİLİM 

    İNSANLARI!

    mail mail mail mail mail

    Dergimizin Eylül sayısı 

    (25.09.2020)

    yayınlanmıştır.

    mail mail mail mail mail

    DEĞERLİ BİLİM 

    İNSANLARI!

    mail mail mail mail mail

    Dergimizin

    Kasım Sayısı 

    İçin Makalenizi  

    Sisteme Yükleyebilirsiniz.

    mail mail mail mail mail

     



Adres :Göztepe Mah., Beykoz, İstanbul/TURKEY
Telefon :+90 555 005 92 85 Faks :+90 216 606 32 75
Eposta :info@euroasiajournal.org

Web Yazılım & Programlama Han Yazılım Bilişim Hizmetleri