Hızlı Erişim


Bu Dergi DOI ve Crosscheck üyesidir


Özet


IN SILICO YÖNTEMLER İLE IL-6’NIN PATOJENİK TEK NÜKLEOTİT POLİMORFİZMLERİNİN TAHMİNİ VE YAPISAL ETKİLERİ

Tek nükleotid polimorfizmleri (SNPler) bireyler arasında; DNA'daki tek nükleotid değişiklikleri olarak bilinir. En yaygın SNP türü eş anlamlı olmayan SNPlerdir. İnterlökin-6 (IL-6) savunma mekanizması, bağışıklık tepkisi, hematopoez ve akut faz reaksiyonlarında çok çeşitli biyolojik fonksiyonlara sahip lenfoid ve lenfoid olmayan hücreler tarafından üretilen bir pleiotropik sitokindir. Bu çalışmada, IL-6'nın SNPleri NCBI dbSNP'de araştırılmıştır. Bu veritabanında IL-6’ya ait 2530 SNP vardır ve 227 tanesi yanlış anlamlı olarak sınıflandırılmıştır. PANTHER, SIFT ve PROVEAN biyoinformatik araçları, zararlı (D), muhtemelen zarar veren (PRD) veya mümkün olarak zarar veren (POD) SNPlerin belirlenmesi için kullanıldı ve bu SNPlerin IL-6 protein ürünlerinin amino asitleri üzerindeki yapısal etkilerinin tespiti için Hope aracından yararlanıldı. SIFT ve PROVEAN skorları ile PANTHER koruma süreleri, bu 227 SNPnin 22’sinin D, PRD veya POD kategorisine sahip olduğunu göstermiştir. HOPE aracı sonuçlarına göre, mutant tiplerde rs370818995 (UniProt Protein id’leri: P05231, B5MCZ3 ve P05231) daha büyük boyutta aminoasitlere yol açmaktayken; rs11544633 (UniProt protein id’leri: P05231, B5MCZ3, B4DNV3, P05231 ve B5MC21), rs199990564 (UniProt protein id’leri: P05231, B5MCZ3, B4DNV3, P05231 ve B5MC21), rs201371019 (UniProt Protein id’leri: P05231, B5MCZ3, B4DNV3, B4DNV3, P05231 ve B5MC21) daha küçük boyutta aminoasitlere neden olmaktadır. Ayrıca, rs370818995 (UniProt Protein id’leri: P05231, B5MCZ3 ve P05231) vahşi tipinden daha az hidrofobik forma neden olurken; rs199990564 (UniProt Protein id’leri: P05231, B5MCZ3, B4DNV3, P05231 ve B5MC21) ve rs201371019 (UniProt Protein id’leri: P05231, B5MCZ3, B4DNV3, P05231 ve B5MC21)’nin mutant tipleri ise daha hidrofobik yapılara yol açmaktadır. Çalışmada ilk kez IL-6'nın patojenik yanlış anlamlı SNPleri in silico yöntemlerle gösterilmiştir. Bu çalışmanın sonuçlarının, IL-6’nın patojenik polimorfizmlerinin etkileri ile ilgili gelecekteki çalışmalara yardımcı olabileceğini düşünüyoruz.



Anahtar Kelimeler
SNP, polimorfizm, IL-6, in silico

Kaynakça Bowcock, AM., Ray, A., Erlich, H., Sehgal, PB. 1989. “Rapid detection sequencing of alleles in the 3' flanking region of the interleukin-6 gene”, Nucleic Acids Res., 17, 6855-64. Braunwald, E. (2018). Cell-based therapy in cardiac regeneration: An overview. Circulation Research. Lippincott Williams and Wilkins. https://doi.org/10.1161/CIRCRESAHA.118.313484 Das D and Haloi A. Vitamin B12 Gene Polymorphisms and Chronic Diseases. J Nutr Disorders Ther. 2014; 4:149. Hirano, T. 2014. “Revisiting the 1986 molecular cloning of interleukin 6. Frontiers in Immunology, 5(SEP)”, https://doi.org/10.3389/fimmu.2014.00456 Kishimoto T.1989. The Biology of Interleukin-6 “The biology of interleukin-6. Blood”, https://doi.org/10.1182/blood.v74.1.1.bloodjournal7411 Martinez-Arias R., Calafell F., Mateu E., Comas D., Andres A., Bertranpetit J., Sequence variability of a human pseudogene, Genome Res. 11 (2001) 1071– 1085 Picoult-Newberg L., Ideker T.E., Pohl M.G., Taylor S.L., Donaldson M.A., Nickerson D.A., Boyce-Jacino M., Mining SNPs from EST databases, Genome Res. 9 (1999) 167–174 Sherry ST, Ward MH, Kholodov M, Baker J, Phan L, Smigielski EM, Sirotkin K. dbSNP: the NCBI database of genetic variation. Nucleic Acids Res. 2001 Jan 1;29(1):308-11. Vaser, R., Adusumalli, S., Leng, S. et al. SIFT missense predictions for genomes. Nat Protoc 11, 1–9 (2016). https://doi.org/10.1038/nprot.2015.123 Tang H, Thomas PD. PANTHER-PSEP: predicting disease-causing genetic variants using position-specific evolutionary preservation. Bioinformatics. 2016;32(14):2230-2232. doi:10.1093/bioinformatics/btw222 Wang D.G., Fan J.B., Siao C.J., Berno A., Young P., Sapolsky R., Ghandour G., Perkins N., Winchester E., Spencer J., Kruglyak L., Stein L., Hsie L., Topaloglou T., Hubbell E., Robinson E., Mittmann M., Morris M.S., Shen N., Kilburn D., Rioux J., Nusbaum C., Rozen S., Hudson T.J., Lander E.S., Large-scale identification, mapping, and genotyping of single-nucleotide polymorphisms in the human genome, Science 280 (1998) 1077–1082. Weissenbach, J., Chernajovsky, Y., Zeevi, M., Shulman, L., Soreq, H., Nir, U., … Revel, M. (1980). Two interferon mRNAs in human fibroblasts: In vitro translation and Escherichia coli cloning studies. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 77(12 II), 7152–7156. https://doi.org/10.1073/pnas.77.12.7152 Yasukawa, K., Hirano, T., Watanabe, Y., Muratani, K., Matsuda, T., Kishimoto, T. 1987. “Structure and expression of human B cell stimulatory factor 2 (BSF-2/IL-6) gene”, 6, 2939–45. Yongwook Choi, Agnes P. Chan, PROVEAN web server: a tool to predict the functional effect of amino acid substitutions and indels, Bioinformatics, Volume 31, Issue 16, 15 August 2015, Pages 2745–2747, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv195

Gelişmiş Arama


Duyurular

    ***********************

    DEĞERLİ BİLİM 

    İNSANLARI!

    mail mail mail mail mail

    Dergimizin Eylül sayısı 

    (25.09.2020)

    yayınlanmıştır.

    mail mail mail mail mail

    DEĞERLİ BİLİM 

    İNSANLARI!

    mail mail mail mail mail

    Dergimizin

    Kasım Sayısı 

    İçin Makalenizi  

    Sisteme Yükleyebilirsiniz.

    mail mail mail mail mail

     



Adres :Göztepe Mah., Beykoz, İstanbul/TURKEY
Telefon :+90 555 005 92 85 Faks :+90 216 606 32 75
Eposta :info@euroasiajournal.org

Web Yazılım & Programlama Han Yazılım Bilişim Hizmetleri